В світі Наруто непомітно пролетіли два роки. Колишні новачки поповнили ряди досвідчених сінобі в ранзі тюнін і дзенін. Головні герої не сиділи на місці – кожен став учнем одного з легендарних Саннін – три великих ніндзя Конохи. Парубок в помаранчевому продовжив вчення в мудрого, але ексцентричного Дзірайї, поступово піднімаючись на новий рівень бойової майстерності. Сакура стала помічницею і довіреною особою цілительки Цунаде – нового вождя Конохи. Ну а Саске, чия гординя привела до вигнання з Конохи, вступив в тимчасовий союз із зловісним Оротімару...