Прошло вісімдесят років після того, як перша Космічна Війна змінила життя і землян, і раси Зентреді. Дві раси тепер мирно співіснують на Землі, встановивши нове суспільство, а колишній конфлікт залишився у далекому минулому. Але раптово з'являється нова загроза - інопланетна цивілізація Мардук, чиї бойові кораблі наближаються до Землі. Свого часу земляни успішно застосовували проти Зентреді атаку піснями Мінмей, але нові противники володіють своєю сиреною - зентредійськой принцесою Іштар, чий спів сильно підсилює бойові здібності кораблів агресорів.

Крупний телеканал SNN доручає молодому здатному репортерові Хібікі Кандзакі освітлювати першу битву з флотом Мардука, що обернулася для земних сил розгромом. Маневруючи між зорельотами, що б'ються, Хібіки натрапляє на красуню Іштар, яку він витягує з пошкодженого ворожого корабля і забирає на Землю, де між ними спалахує сильне почуття. За допомогою кращого військового льотчика Сільвії Хібікі та Іштар повинні врятувати Землю від повного знищення армією Мардука, переконавши військове командування знову запустити недіючу Гіперпросторову фортецю Макросс.