1999 рік. На Землю падає величезний метеорит, що виявився інопланетним космічним кораблем. Щоб бути готовими до появи його господарів, земляни починають вивчати і відновлювати системи корабля.

Проте прибульці, що з'явилися, виявляються не власниками корабля (названого «Макросс»), а їх древніми ворогами. Головна гармата «Макросса» автоматично стріляє — і починається війна землян і інопланетян — гігантів Зентраді.

Не дивлячись на гігантське зростання і досконале знання військового мистецтва, Зентраді виключно уразливі — їм незнайомі поняття «культура» та «кохання», і проста романтична пісня виявляється потужнішою зброєю, ніж всі бойові роботи екіпажу «Макросса».
На тлі війни розвивається любовний трикутник головних героїв — пілота Ічідзе Хікару, його начальника, капітана Хаясе Місі, і юної поп-виконавиці Лінн Мінмей.