Действия фильма разворачиваются после того, как ребятам удалось покинуть лабиринт. На следующее утро юноши оказываются в совершенно другом мире. Вся планета опустела, под палящим солнцем не растет, человечество на грани вымирания из-за постоянных вспышки заболеваний. Каждому из героев снова отводится определенная роль и Томас вдруг становится лидером. Тереза теперь принадлежит к другой группе и всем героям предстоит пройти через проверку на прочность своих отношений.